İsa Bey Camii, Artemis Tapınağı ile Aziz Yuhanna Bazilikası arasında, tepenin güneybatısında yer almaktadır. Bu konumuyla üç ayrı dinin sembollerinin bir üçgen arasında kalması anlamlıdır. Ve dünyada örneği yoktur. Cami 1375 yılında Aydınoğlu İsa Bey tarafından Şamlı mimar Ali bin Müşeymeş ed-Dımaşkî’ye yaptırılmıştır. 51 x 57 m ölçülerindeki camide Efes’ten ve Artemis Tapınağı’ndan getirilen bazı parçalar, özellikle sütunlar kullanılmıştır. Taç kapı üzerinde yer alan kitabede Mehmet oğlu İsa Bey ve Şamlı mimar Müşeymeş oğlu Ali’nin adları okunabiliyor.
Caminin ortasında şadırvanı kapsayan revaklı avlu yer alır. Caminin doğu ve batı kapılarının üstünde yükselen iki minareden doğuda olanı tamamen yıkılmış ve tek bir minare kalmıştır.
1975 yılından sonra Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından yaptırılan iyileştirme ve onarım çalışmalarıyla cami ibadete açılmıştır.
Aydınoğulları Beyliği’nin başkenti Ayasuluk’ta inşa edilen İsa Bey Camii’nin ana cephesindeki mermer ustalığı Batı Anadolu’daki önemli örnekleri arasındadır. Ayasuluk’ta (Selçuk) Aydınoğulları Dönemi’ne (1304-1390) ait anıtların büyük bir bölümü halen ayaktadır. Bunlar içinde en önemlisi olan İsa Bey Camii, 1700-1975 yılları arasındaki yıpranmışlığına rağmen halen ayakta ve cami işlevini sürdürmektedir.
Caminin banisi İsa Bey, Hızır Bey’den sonra beyliğin başına geçerek yaklaşık 30 yıl hüküm sürmüş (1360-1390) ve başkenti Birgi’den Ayasuluk’a taşımıştır. Aydınoğlu İsa Bey, kendinden önce (özellikle Umur Bey zamanında) savaş dolu yılların getirdiği ganimetler, tarım gelirleri ve Venediklilerle yapılan ticaret antlaşmaları sonunda artan gümrük gelirlerinin büyük bir kısmını dini, toplumsal işlevli anıtların yapımına harcamıştır. 13 Mart 1375 tarihinde inşaatı tamamlanan İsa Bey Camii’nin mimarı Şamlı Ali bin Müşeymeş ed-Dımaşkî’dir. Ayasuluk kent merkezinde tepenin güneybatısında 50 x 55 m’lik alanı kaplayan cami, çapraz sahınlı veya transept tipli camiler grubuna girmektedir. Harim dört büyük granit sütun ve kemerlerle enlemesine ikiye bölünmüştür. Mihrap önü (orta kısım) iki kubbeyle örtülüdür.
Enine planlı bu tip camilerin örnekleri arasında Harran Ulu Camii, Şam Emevi Camii ve Diyarbakır Ulu Camii sayılabilir. Caminin batı cephesinde kullanılan mermerlerin çoğunluğu o sırada harabe halindeki Artemis Tapınağı’ndan getirilmiştir. Cephesinin ortasında çok süslü ve kitabeli taç kapı yer alır. Taç Kapı’nın güneyinde harim kısmının batı cephesinde bulunan dört pencere birbirinden farklı yapıları ve süslemeleriyle gerçek bir sanat harikası olarak kabul edilir. Bunların dış yüzlerindeki güzellik iç kısmına da yansımıştır.
Ayasuluk İsa Bey Camii, Anadolu Beylikler Dönemi’nde nadir görülen iki minareli (biri yıkılmıştır) camilerden biridir. Harimin kuzeyinde yer alan ve kalan izlerden üç kenarı revaklarla çevrili olduğu anlaşılan avlu, bu şemanın Osmanlı öncesi dönemdeki ilk örneğidir. Yapının mihrap parçaları ve kitabesi 1988 yılında yapılan restorasyon sırasında kısmen yerine yerleştirilmiştir.
